Brightons ytter Kauro Mitoma skadade sig i helgens möte med Wolverhampton, och den skadan håller honom nu borta från VM.
När Japan släppte sin trupp under fredagen fanns Mitoma inte med.
Japan tvingas också klara sig utan tidigare Liverpool-mittfältaren Takumi Minamino som dragit med en korsbandskada under säsongen. Nuvarande Liverpool-mittfältaren Wataru Endo är uttagen.
Dessutom är skrällartat nog den tidigare Arsenal-backen Takehiro Tomiyasu tillbaka i landslaget för första gången på två år, liksom 39-årige Yuto Nagatomo.
Japan inleder VM-gruppspelet mot Nederländerna och Tunisien innan de ställs mot det svenska landslaget.