I den 14:e minuten, ställning 0–0, snappade Gyökeres upp en misslyckad bakåtpassning, rundade Nick Pope i målet och blev sedan fälld.
Domaren Jarred Gillet pekade på straffpunkten men fick sedan höra i snäckan att VAR-rummet hade en annan åsikt.
Matchen då?
Den slutade 2–1 till Arsenal efter att Gabriel nickat in slutresultatet i den 96:e minuten. Dessförinnan hade både Alexander Isak-ersättaren Nick Woltemade och Mikel Merino gjort mål med huvudet.
Arsenal skuggar Liverpool i toppen av Premier League-tabellen.